ゼノサーガ エピソードII [善悪の彼岸]のエンディングから一年後。
主人公、シオン・ウヅキは自分の所属する組織、
ヴェクター・インダストリーがグノーシス現象の原因に深くかかわっている事に気づいてしまう。
そこでヴェクターを退社した彼女は反U.M.N.を謳う地下組織
“スキエンティア”と手を組みヴェクターの企みを明るみにしようと独自に活動を始めるが、
そんな時KOS-MOS開発計画の中止が決定したという話を耳にする。
さらには開発が中止されるKOS-MOSの代わりとして謎のアンドロイド、
T-elos（テロス）が現れる。
T-elosの陰にちらつく様々な疑惑と陰謀。宇宙の――人類の未来はどこへ向かうのか。
【有關EP II~EP III的一年裡事件補充】
這段內容大致上說自從GNOSIS恐佈襲擊後
紫苑離開了VECTOR並尋找有關U.M.N潛在危險的事情
其中發現一個被稱為GRIMORIE的少女的生化人是與恐佈襲擊有關。
紫苑追尋下便認識了反U.M.N的地下組織SCIENTIA的特攻杜克絲,
其後在分析GRIMORIE的少女體內資料時...
發生了意外令紫苑的精神被U.M.N.帶走,而她的哥哥~陣便前往U.M.N.將妺妺救出...
別小看這段交待時期,它可是EP III故事的來源呢
